A number of experts have given varying reasons why one scientist’s identification of the “Deltacron” strain was incorrect. Image courtesy CDC

Jan. 10 (UPI) — Health experts have largely dismissed a reported new COVID-19 mutation said to combine elements of the Delta and Omicron variants, and said the identification likely was the result of an error during genetic sequencing.

The variant, which has been referred to as “Deltacron,” was found by University of Cyprus professor Leonidos Kostrikis, who told Bloomberg News that his team found 25 cases of the mutation and submitted the findings to GISAID, an international genetic database used to track the coronavirus.

News of the purported mutation trended on social media over the weekend as health experts rejected the finding.

Dr. Krutika Kuppalli, an expert on COVID-19 for the World Health Organization, said that Kostrikis’ finding was likely a sequencing artifact caused by the “lab contamination of Omicron fragments in a Delta specimen.

“Okay people let’s make this a teachable moment, there is no such thing as Deltacron,” Kuppali tweeted. “Omicron and Delta did NOT form a super variant.”

Dr. Tom Peacock from Imperial College London noted that the “Deltacron” genetic sequences “do not cluster on a phylogenetic tree and have a whole Articprimer sequencing amplicon of Omicron in an otherwise Delta backbone.”

Peacock said that Delta genetic sequences with “strange mutations” have been turning up since the variant emerged and are best explained as an issue exacerbated by low levels of contamination.

Dr. Leonidos Kostrikis, a researcher at the University of Cyprus, reported that his team found 25 cases of a possible new COVID-19 mutation said to combine elements of the Delta and Omicron variants. Photo courtesy U.S. Embassy in Cyprus

Dr. Adriana Heguy, a medical researcher at New York University, said researchers had found 65 samples of Omicron sequences with Delta-like mutations in New York City, but confirmed that they resulted from contamination.

“We removed them from GISAID. We did not alert the press before we did our due diligence. Some seemed totally real but when we repeated library preps, they were not,” she tweeted.

Peacock added that the possible contamination issue is not related to the quality of the lab, and happens to every lab that performs genetic sequencing.

One medical expert, a researcher involved with the development of the Moderna vaccine who goes by the online pseudonym Chise, likened the error to photocopying.

“When you do a PCR run, with contamination present in your original sample, and your samples are on that same run you are simply replicating that contamination,” she said. “Think of xeroxing a piece of paper with an ink spot on it. Every copy made will have that same ink spot.”

Dr. Boghuma Kabisen Titanji, an infectious diseases researcher at Emory University in Atlanta, said that the evidence points to contamination rather than a true combination of the Delta and Omicron variants to create a “hybrid virus” — which is possible with coronaviruses.

Titanji noted that recombination of the virus is believed to have happened at least once already when the Alpha variant, also known as B.1.1.7, is thought to have recombined with B.1.429 — a variant that was found in California.

“With transmission levels of [the virus] at all-time highs globally, it is likely that recombination is occurring and may rise to levels that we start picking up these events more frequently,” Titanji tweeted. “Will this lead to more concerning variants? That is possible but nobody knows.”

Titanji emphasized that people shouldn’t worry and avoid coining names for variants “that sound like a Transformers villain.”

Kostrikis, however, continues to stand by his findings. In a statement to Bloomberg, he said his research indicates an “evolutionary pressure to an ancestral strain to acquire these mutations and not a result of a single recombination event.”

“These findings refute the undocumented statements that Deltacron is a result of a technical error,” he said.

Español:

La mayoría de los expertos dicen que la variante COVID-19 ‘Deltacron’ no es real, probablemente el resultado de un error de laboratorio.

Varios expertos han dado diversas razones por las que la identificación de un científico de la cepa “Deltacron” fue incorrecta. Imagen cortesía de CDC

10 de enero (UPI) — Los expertos en salud han descartado en gran medida una nueva mutación de COVID-19 reportada que se dice que combina elementos de las variantes Delta y Omicron, y dijeron que la identificación probablemente fue el resultado de un error durante la secuenciación genética.

La variante, que ha sido conocida como “Deltacron”, fue encontrada por el profesor de la Universidad de Chipre Leonidos Kostrikis, quien dijo a Bloomberg News que su equipo encontró 25 casos de la mutación y presentó los hallazgos a GISAID, una base de datos genética internacional utilizada para rastrear el coronavirus.

Las noticias de la supuesta mutación fueron tendencia en las redes sociales durante el fin de semana, ya que los expertos en salud rechazaron el hallazgo.

El Dr. Krutika Kuppalli, experto en COVID-19 de la Organización Mundial de la Salud, dijo que el hallazgo de Kostrikis fue probablemente un artefacto de secuenciación causado por la “contaminación de laboratorio de fragmentos de Omicron en una muestra de Delta.

“Está bien, gente, hagamos de este un momento de enseñanza, no existe tal cosa como Deltacron”, tuiteó Kuppali. “Omicron y Delta NO formaron una súper variante”.

El Dr. Tom Peacock del Imperial College de Londres señaló que las secuencias genéticas “Deltacron” “no se agrupan en un árbol filogenético y tienen un amplicón de secuenciación Articprimer completo de Omicron en una columna vertebral Delta”.

Peacock dijo que las secuencias genéticas delta con “mutaciones extrañas” han estado apareciendo desde que surgió la variante y se explican mejor como un problema exacerbado por los bajos niveles de contaminación.

El Dr. Leonidos Kostrikis, investigador de la Universidad de Chipre, informó que su equipo encontró 25 casos de una posible nueva mutación de COVID-19 que se dice que combina elementos de las variantes Delta y Omicron. Foto cortesía de la Embajada de los Estados Unidos en Chipre

Adriana Heguy, investigadora médica de la Universidad de Nueva York, dijo que los investigadores habían encontrado 65 muestras de secuencias de Omicron con mutaciones similares a Delta en la ciudad de Nueva York, pero confirmaron que eran el resultado de la contaminación.

“Los eliminamos de GISAID. No alertamos a la prensa antes de hacer nuestra debida diligencia. Algunos parecían totalmente reales, pero cuando repetimos los preparativos de la biblioteca, no lo eran”, tuiteó.

Peacock agregó que el posible problema de contaminación no está relacionado con la calidad del laboratorio, y le sucede a todos los laboratorios que realizan secuenciación genética.

Un experto médico, un investigador involucrado en el desarrollo de la vacuna de Moderna que usa el seudónimo en línea Chise, comparó el error con la fotocopia.

“Cuando haces una prueba de PCR, con contaminación presente en tu muestra original, y tus muestras están en esa misma carrera, simplemente estás replicando esa contaminación”, dijo. “Piense en xeroxear un pedazo de papel con una mancha de tinta en él. Cada copia hecha tendrá ese mismo punto de tinta”.

El Dr. Boghuma Kabisen Titanji, investigador de enfermedades infecciosas de la Universidad de Emory en Atlanta, dijo que la evidencia apunta a la contaminación en lugar de una verdadera combinación de las variantes Delta y Omicron para crear un “virus híbrido”, lo que es posible con los coronavirus.

Titanji señaló que se cree que la recombinación del virus ya ocurrió al menos una vez cuando se cree que la variante Alpha, también conocida como B.1.1.7, se ha recombinado con B.1.429, una variante que se encontró en California.

“Con los niveles de transmisión de [el virus] en máximos históricos a nivel mundial, es probable que se esté produciendo una recombinación y pueda aumentar a niveles en los que comencemos a detectar estos eventos con más frecuencia”, tuiteó Titanji. “¿Esto conducirá a variantes más preocupantes? Eso es posible, pero nadie lo sabe”.

Titanji enfatizó que la gente no debe preocuparse y evitar acuñar nombres para variantes “que suenan como un villano de Transformers”.

Kostrikis, sin embargo, sigue manteniendo sus hallazgos. En una declaración a Bloomberg,dijo que su investigación indica una “presión evolutiva a una cepa ancestral para adquirir estas mutaciones y no un resultado de un solo evento de recombinación”.

“Estos hallazgos refutan las afirmaciones indocumentadas de que Deltacron es el resultado de un error técnico”, dijo.